シスチン(Cystine、略号:CysまたはC、化学式:C6H12N2O4S2)とは、アミノ酸の一種。タンパク質を構成するアミノ酸の1つで、メチオニンと並んで硫黄(S)を含む数少ないアミノ酸。毛を構成するケラチンの約11%はシスチンであり、また皮膚や免疫細胞にも多く含まれるアミノ酸である。鳥の羽や動物の毛に多く含まれることから、工業的にはこれら屠畜副産物を酵素や細菌などを用いて分解したアミノ酸混合液から、水への溶解度の低いチロシンとシステインがそれぞれ分離されて得られる。シスチンにはD-とL-いう構造が鏡写しになった2つの異性体があるが、タンパク質の構成アミノ酸となるのはL-型だけであることから、食品やドッグフードに加えられるシスチンは何も書かれていなければLー型である。
ダックス・フント、アイリッシュ・テリア、ブルドッグなどの犬種では、シスチンの再吸収障害が遺伝性疾患のシスチン尿として知られている。シスチン尿は尿結石の一種で、水溶解性の低いシスチンが腎細管や膀胱で結石を形成する疾患である。シスチン尿の傾向がある犬には、シスチンだけでなく、シスチンと同じく硫黄を含むメチオニンが添加されたフードを与えることや、高タンパク質あるいはフェザーミールなどシスチンやメチオニンを多く含む原料の入ったフードを与えることは、シスチン尿のリスクを上げることになるので避けた方がよい。


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